1 - ossidoreduttasi: reazioni di ossido-riduzione
1.1 agisce sul gruppo CHOH del donatore
1.2 agisce sul gruppo aldeidico o chetonico del donatore
1.3 agisce sul gruppo CH-CH del donatore
1.4 agisce sul gruppo CH-NH2 del donatore
1.5 agisce sul gruppo C-NH del donatore
1.6 agisce su NADH2 o NADPH2 .
1.7 agisce su altri composti azotati
1.8 agisce su gruppi solforati
1.9 agisce sui gruppi eme

2 - transferasi: trasferimento di gruppi chimici da una molecola ad un'altra
2.1 gruppi ad una unità di carbonio
2.2 gruppi chetonici o aldeidici
2.3 gruppi acilici
2.4 gruppi glicosidici
2.5 gruppi alchilici
2.6 gruppi azotati
2.7 gruppi fosforici
2.8 gruppi contenenti zolfo

3 - idrolasi: reazioni di idrolisi
3.1 legami esterei
3.2 legami glicosidici
3.3 altri legami
3.4 legami peptidici
3.5 legami C-N non peptidici
3.6 legami anidridici
3.7 legami C-C


4 - liasi: reazioni di addizione a doppi legami
4.1 legami C = C
4.2 legami C = O
4.3 legami C = N
4.4 legami C = S


5 - isomerasi: reazioni di trasformazione di una molecola nel suo isomero
5.1 racemasi
5.2 cis-trans isomerasi

6 - ligasi: reazioni di formazione di nuovi legami con rottura di ATP in AMP e pirofosfato o ADP e Pi
6.1 legami C-O
6.2 legami C-S
6.3 legami C-N
6.4 legami C-C